La medicina integrativa, según la definición de NCCAM, combina terapias médicas formales y terapias de la medicina complementaria y alternativa para las cuales existen datos científicos de alta calidad sobre su seguridad y eficacia.

Ya no puede estar basado solamente en una metodología, porque es obvio que no hay una metodología que ofrezca una solución eficaz en todas las condiciones, bajo todas las circunstancias, y para todas las personas. El tratamiento médico mejor es aquel que emplea todos los conocimientos disponibles sobre medicina, incluidos los naturales. La misión de los profesionales de las medicinas complementarias es proporcionar una información amplia de opciones, sin excluir ninguna modalidad o sistema. Presentando esta información, no se está tratando de prescribir ninguna sustancia específica o tratamiento.
Muchas de las metodologías alternativas existentes no entran dentro de los cánones de la medicina convencional, esencialmente porque no existe evidencia de investigación clínica detrás de ellos. Pero mientras los resultados de estudios clínicos nos proporcionan la información necesaria sobre los efectos de las substancias y los tratamientos, la falta de evidencia científica no es (en nuestra opinión), suficiente razón para invalidar la eficacia de un tratamiento natural potencialmente valioso o eficaz, especialmente si se lleva empleando hace cientos de años. Por desgracia, esta falta de datos científicos parece ser el suficiente argumento de la ciencia médica oficial para no reconocer la posible validez de un tratamiento.

La mayoría de los naturópatas tienen titulación médica ortodoxa. Su diagnóstico suele ser en parte semejante al convencional, análisis de sangre, etc., utilizan además otros métodos particulares como el iridiodiagnóstico, observación del iris ocular. Cuando se trata de una enfermedad grave, suelen tratar al paciente conjuntamente con un médico alopático. La clave de la naturopatía es la eliminación de toxinas, y sus herramientas son, entre otras: la dieta, el ayuno, la hidroterapia, la fitoterapia, la terapia física, masajes, osteopatía, etc., el ejercicio y las técnicas de respiración y el control del estrés. Aunque con frecuencia los naturópatas acudan a la acupuntura, la quiropraxia y los masajes, no son técnicas propias de la Naturopatía. Aunque es difícil decir qué técnicas le son exclusivas, lo tradicional consiste en estimular la fuerza vital del organismo mediante los elementos naturales propios del entorno: sol, aire, tierra (arcilla, geoterapia), dieta, agua (hidroterapia) y plantas medicinales.